В Иссык-Кульском и Тонском районах, в целях обеспечения экологической безопасности на постоянной основе проводятся рейдовые мероприятия. Рейдовые мероприятия осуществляет МРУ ГИЭТБ по гг. Чолпон-Ата, Балыкчы, Иссык-Кульскому и Тонскому районам. 

На горных местностях и прибережном районе озера проводятся мероприятия по защите окружающей среды, животного мира, защите рыбных запасов и выявлению и недопущению браконьерства. Госэкотехинспекция предупреждает, в случае выявления фактов посягательства на животный мир и рыбные запасы, в отношении нарушителей будут приняты соответствующие меры в рамках законодательства.