Садыр Жапаров, будучи и.о. президента, подписал указ о помиловании 230 осужденных. По некоторым оценкам международных правозащитных организаций, в настоящее время количество содержащихся в учреждениях пенитенциарной системы Кыргызстана превышает установленные нормы. А содержание осужденных в учреждениях системы исполнения наказаний обходится государственной казне в немалую сумму. 

Кроме того, в местах заключения находится немало людей, совершивших преступления незначительного характера и не представляющих для общества какую-либо опасность. Вопросы гуманизации уголовного права, реформирования системы исполнения наказаний неоднократно выдвигались правозащитными организациями и представителями гражданского общества в качестве одного из приоритетов демократического развития страны. В этом смысле, право осужденного на помилование, очевидно, имеет прямое отношение к вопросу гуманизации уголовного права.

Статья 93 УК КР Актом о помиловании предусматривает право замены осужденному назначенного судом наказания в виде пожизненного лишения свободы лишением свободы на срок двадцать лет, а также смягчение наказания в виде лишения свободы на определенный срок, кроме случаев, когда судом применено наказание с применением пробационного надзора или условно-досрочное освобождение от наказания.

Уголовное законодательство республики предоставляет осужденным право обращаться с ходатайством о помиловании после вступлении приговора в законную силу. Повторное ходатайство о помиловании осужденного к пожизненному лишению свободы при отсутствии новых, заслуживающих внимания обстоятельств, может быть внесено по истечении десяти лет отбывания наказания. Для осужденного к лишению свободы на определенный срок повторное ходатайство может быть внесено - по истечении половины назначенного судом срока наказания.

Государственная служба исполнения наказаний направила в Секретариат по вопросам помилования при президенте КР более 1800 ходатайств о помиловании. На сегодняшний день согласно Указу и.о. президента КР Садыра Жапарова о помиловании, из мест лишения свободы освобождены 230 человек, сокращены сроки отбывания наказания 38 осужденным. Решения по остальным ходатайствам впереди.