Сейчас эта служба находится в ведении Министерства здравоохранения. Однако её хотят передать в ведение Государственной судебной экспертной службы при Правительстве Кыргызстана.
Сотрудники Минздрава высказали опасения, в том числе, касающиеся высокой вероятности коррупции. Они уверены, что такие изменения неблагоприятно скажутся на работе судебно-медицинской экспертизы в целом.